La directora de ANECA, Pilar Paneque Salgado, tiene un amplia experiencia en materia de gestión académica y de la investigación al haber sido, entre otros, directora de Postgrado, vicerrectora de Planificación y Calidad y directora del Patronato en la Universidad Internacional de Andalucía (UNIA), así como directora del Campus de Excelencia Internacional de Medio Ambiente, Biodiversidad y Cambio Global (UPO), proyecto en el que coordinó a siete universidades andaluzas y al CSIC.
En materia de gestión, también ha formado parte de la Sectorial de Espacio Europeo, Calidad e Innovación Docente de la Asociación de Universidades Públicas de Andalucía (AUPA), de la mesa del Contrato Programa de la Consejería con competencias en materia universitaria de la Junta de Andalucía, y del Grupo de Sostenibilidad de la Conferencia de Rectores de las Universidades Españolas (CRUE), entre otros grupos de trabajo.
A esto se suma su actividad como coordinadora científica del área de Geografía en el panel de Ciencias Sociales de la Agencia Estatal de Investigación (AEI), donde ha sido responsable de la gestión de las distintas convocatorias de proyectos, redes y recursos humanos del Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación, además de convocatorias de otros organismos públicos gestionadas por la AEI.