Se establece una primera fase de acreditación institucional inicial y, antes del transcurso de seis años una renovación de dicha acreditación. Esta renovación de la acreditación tendrá carácter cíclico cada 6 años. ANECA podrá acordar con la universidad la realización de un seguimiento de la acreditación institucional de los centros acreditados institucionalmente.
Para desarrollar la labor de evaluación, ANECA aprovecha las sinergias de la acreditación de los títulos (que en ANECA se lleva a cabo a través del programa ACREDITA), con las del proceso de certificación de la implantación de los sistemas de garantía internos de calidad. ANECA realiza la certificación de la implantación de dichos sistemas a través del programa AUDIT) .