ANECA definió en 2005 unas Bases del Plan Estratégico horizonte 2010 que han guiado a la organización durante casi cinco años.Este documento ha sido concebido como un instrumento de reflexión y actuación, algo imprescindible para que un organismo como ANECA pueda gestionar de forma eficiente la complejidad y la diversidad propia del sistema de Educación Superior como marco en el que desarrolla su trabajo.
En 2009 se ha llevado a cabo una reflexión interna que reformula las bases del Plan Estratégico con el fin de adecuarlo a nuevos objetivos generales y particulares más acordes con las nuevas circunstancias de la Agencia y sus actividades. Este documento ha sido aprobado por el Patronato, con el horizonte temporal que marca la transformación de ANECA en Agencia Estatal.
